8月21日，上海铁路局宣布，从8月28日零时起，该局实施第二阶段新列车运行图，涉及9对京沪、沪杭高铁列车停运。其中，沪杭高铁减少7对，最高运行速度由现行每小时350公里调整为每小时300公里，二等座由原来82元降至78元。
这是继8月16日上海站停运24对京沪、沪杭高铁列车之后，上海铁路局再次停运部分高铁列车，其中京沪高铁列车从最初开行的73对减至50对。
上海铁路部门称，沪宁高铁开行动车组列车对数不变，仍为103对。其中开行时速300公里高速动车组列车75对，跨线高速动车组列车5对，开行时速 250公里动车组列车23对。
为满足旅客多层次的出行需要，实施第二阶段新列车运行图后，铁路部门将在京沪、杭深既有线增开5对动车组列车。其中，京沪线4对卧铺动车组列车皆为“夕发朝至”，全程运行时间11小时45分，软卧下铺票价为698元，比原来下降32元；南京至北京南全程运行时间9小时08分，软卧下铺票价为 551元，比原来也有所下调。