上海市不断完善生态补偿制度，2010年的水源地生态补偿范围在上年的基础上进一步扩大，受补偿区县增加到9个，补偿资金在2009年的基础上大幅度提高，达到3.74亿元。
上海市委、市政府高度重视建立健全生态补偿机制工作，把这项工作放在上海贯彻落实科学发展观、统筹城乡协调发展、确保经济社会可持续发展的战略高度加以推进。
2009年，由市委副书记、市长韩正主持召开的上海市政府常务会议，原则同意《关于上海市建立健全生态补偿机制的若干意见》和《生态补偿转移支付办法》两个文件。会议要求，要通过建立和完善生态补偿转移支付的办法，形成导向明确、公平合理的激励机制，提高区县进一步开展生态建设和保护工作的积极性，进一步优化全市生态环境。韩正强调，市、区县要形成合力，把这一机制落到实处、逐步完善。
生态建设和保护投资大、周期长，需要一个长期的过程。近年来，在全市各级政府尤其是郊区县政府的共同努力下，上海市生态建设步伐明显加快，生态环境得到了较大改善。建立健全生态补偿机制，调整经济发展和生态建设相关各方利益关系，保障生态保护地区的公平发展权，势在必行。
上海市在建立健全生态补偿机制工作过程中，先从建立基本农田、公益林、水源地的生态补偿机制入手，逐步扩大范围、完善方式、健全机制。市政府印发的《关于上海市建立健全生态补偿机制的若干意见》包括公共财政投入、扶持产业发展、市场运作和相关制度保障4个方面内容，明确了生态补偿 “政府为主、市场为辅”的基本原则，提出了“综合运用行政、法律、市场等手段，建立相应的生态补偿机制，调整相关各方的利益关系，促进生态保护地区健康、协调、可持续发展”的目标。
上海市财政局、市发改委、市环保局等部门联合制定的《生态补偿转移支付办法》，注重体现区县贡献和政策导向，注重发挥主管部门作用和转移支付整体效用，内容包括转移支付分配因素、资金使用和管理3个方面。
为推动饮用水水源保护区生态建设和社会经济的和谐发展，2009年上海市对黄浦江上游水源保护区所涉的青浦、松江、金山、奉贤、闵行、徐汇、浦东7个区县进行了生态补偿，补偿资金为1.85亿元。2010年《上海市饮用水水源保护条例》颁布实施，市政府确定了青草沙、黄浦江上游、陈行、崇明东风西沙4个将长期保留的水源地，划定和调整了饮用水水源保护区范围。2010年的水源地生态补偿范围在2009年的基础上进一步扩大，受补偿区县增加到9个，即四大饮用水水源保护区所在的青浦、松江、金山、奉贤、闵行、徐汇、浦东、宝山、崇明等区县全部纳入补偿范围，补偿资金在2009年的基础上大幅度提高，达到3.74亿元。