11日晚间，厦门市地税局对于引起广泛社会关注的“因个税申报软件未升级，厦门等地仍按照2000元费用扣除标准征收个人所得税”事件做出回应。
厦门市地税局税政二处负责人称，修订后的个人所得税法及实施条例颁布后，厦门市地税局即对该局个人所得税全员全额管理系统进行改造升级，系统已于今年9 月1日零时起上线运行。这位负责人表示，该管理系统正式上线以来运行正常，没有出现问题。
这位负责人说，所谓厦门地税仍按旧标准征纳个税的说法，是由于纳税人误解产生的，本月申报期内，扣缴义务人和纳税人主要申报的是8月份取得的工资薪金所得。纳税人今年9月1日（含）以后实际取得的工资、薪金所得，应适用税法修改后的减除费用标准和税率表，计算缴纳个人所得税。因此，9月1日前实际取得的工资、薪金所得，无论税款是否在9月1日以后入库，均应适用税法修改前的减除费用标准和税率表，计算缴纳个人所得税。
该负责人说，纳税人在9月1日后取得的收入，方按新税法费用扣除标准（3500元）和税率计算征收个人所得税，正常情况下由发放单位于本月份代扣并于下个月申报代缴。而本月份申报的是纳税人上个月取得收入的税款，应按税法修改前的减除费用标准（2000元）和税率表，计算缴纳个人所得税。
另外，上海市地税局也表示，有关上海税务部门未按国家统一规定执行税法的报道与事实不符。
上海税务部门表示：若纳税人发现本单位未按新的减除费用标准计算个人所得税的，或单位在代扣代缴个人所得税的过程中存在问题的，请拨打12366咨询热线或登录上海税务网站（www.tax.sh.gov.cn）向市税务部门反映。